这一阶段可划分为两个时期。第一个时期（1994年至2010年），为工商联正式成立时期。1994年5月，拉萨市工商联召开了第一届会员代表大会，这标志着我区第一个工商联组织的正式成立。1994年9月，西藏自治区工商业联合会正式成立；随后，那曲、林芝、山南、日喀则、阿里地区及拉萨市城关区工商联相继成立。2001年8月，昌都地区工商联正式成立。至此，全区七个地市全部成立了工商联机构，为西藏工商联工作奠定了组织基础。各级工商联以邓小平同志建设有中国特色社会主义理论和党的基本路线为指导，认真贯彻党的十四大和中央第三次西藏工作座谈会精神，围绕“一个中心，两件大事，三个确保”的新时期西藏工作指导方针，积极履行职能，认真贯彻中央第四次西藏工作座谈会和自治区第六次党代会精神，进一步加深对新形势下工商联性质、地位、职能的认识，与时俱进、开拓创新，为西藏经济的跨越式发展和社会局势的长治久安而努力奋斗。

第二个时期（2010年至今），为工商联事业跨越式发展时期，以（中发〔2010〕16）号文件精神的贯彻落实为契机，全区加强和改进新时期工商联工作暨推进非公有制经济跨越式发展会议召开，标志着我区工商联事业进入了跨越式健康发展阶段。2011年1月5日，西藏自治区总商会成立暨揭牌仪式在自治区工商联商会大厦隆重举行。9月19日，区党委、区政府根据《中共中央、国务院关于加强和改进新形势下工商联工作的意见》精神，出台了《中共西藏自治区委员会、西藏自治区人民政府关于加强和改进新时期工商联工作的实施意见》。10月12日，区党委、区政府颁布《中共西藏自治区委员会、西藏自治区人民政府关于推进非公有制经济跨越式发展的意见》，从推进非公有制经济跨越式发展的重大意义、指导思想、目标任务、服务体系、维护权益、提高素质、加强领导等方面提出了今后西藏发展非公有制经济工作重点。确立了西藏非公经济大发展、快发展的“五放”（政治上放心、思想上放开、政策上放宽、发展上放胆、工作上放手）指导思想及“六支持”（ 低门槛、零注册、轻税赋、强支撑、少检查、重激励）工作政策措施。

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