在经历了近200年的沉寂之后，藏传佛教在16世纪末叶又开始在蒙古活跃起来。佛教的这次“重生”，有一个人功不可没，他就是蒙古土默特部的阿勒坦汗，即俺答汗。

蒙古首领俺答汗皈依藏传佛教

明朝嘉靖年间，蒙古土默特部首领阿勒坦汗基本控制了蒙古各部。阿勒坦汗在青海接触到宗喀巴创立的新教格鲁派，认为在蒙古地方建立一个宗教中心，可以巩固自己的统治地位。万历四年（1576年），阿勒坦汗派出使者到西藏邀请藏族高僧索南嘉措亲莅土默特讲经。为此，阿勒坦汗在青海湖畔建了由万历帝赐名的“仰华寺”，并亲自前往途中迎接索南嘉措，双方在仰华寺会商并互赠尊号，阿勒坦汗尊索南嘉措为“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”，索南嘉措被尊为“三世达赖喇嘛”，颁赠了“达赖喇嘛”金印。从此西藏有了“达赖喇嘛”尊号。三世达赖喇嘛索南嘉措为阿勒坦汗和蒙古王公贵族等做了灌顶入教仪式，阿勒坦汗正式皈依了佛教。

云丹嘉措--唯一一位蒙古族达赖喇嘛

万历七年（1579年），阿勒坦汗回到土默特，修建了蒙古地方第一座藏传佛教大召寺，又修建了美岱召、席力图召等召庙。万历十六年（1588年），三世达赖喇嘛应邀赴察哈尔部讲经，途中圆寂，为巩固格鲁派在蒙古的影响，临终前他留下“转世灵童在阿勒坦汗家族中”的遗嘱。翌年，阿勒坦汗之孙青格尔杰布彻辰的福晋产下一子，被认定为三世达赖喇嘛的“转世灵童”。按格鲁派教规西藏甘丹、色拉、哲蚌三大寺派出多名喇嘛组成的使团，经反复商讨，正式确认为四世达赖喇嘛，赠法名“云丹嘉措”。这是藏传佛教——达赖喇嘛中迄今唯一的蒙古族。 四世达赖的认定和进驻西藏，使格鲁派在蒙古的地位得到巩固，促进了其在蒙古的传播。

藏传佛教成为蒙古族全面信仰

在索南嘉措和俺答汗及其后继者的共同努力下，藏传佛教的传教成果得到进一步巩固，蒙古各地逐渐掀起了迎请西藏高僧、建筑寺庙、翻译佛经的高潮，所有这些对藏传佛教在蒙古地区的广泛传播起到了很大的推动作用，同时也使格鲁派日益成为蒙古族的整体宗教信仰。

在蒙古统治者的推动下，藏传佛教迅速传遍了蒙古高原。这一次的传播与以前明显不同，它不再仅限于被蒙古上层推崇，而是开始成为蒙古族的全民信仰， 并在历史的长河中逐步演变，成了蒙古化的佛教，对蒙古人民的社会、生活各方面产生了重大影响。