1368年明朝建立后,中央政府实行多封众建的治理政策,先后分封三大法王和五王,并向各僧俗首领颁发印信、诏书及大量赏赐。其中对法王的册封始于噶玛噶举派噶玛巴活佛得银协巴。活佛转世制度自创立以来,先在噶玛噶举派内部发展出夏玛巴、贾曹、巴卧和司徒等多个转世系统,而后又被达隆噶举、止贡噶举、主巴噶举和香巴噶举等噶举派其他支派采用。15世纪开始,又被格鲁和宁玛、萨迦、觉囊等藏传佛教各大教派采用,成为藏传佛教宗教传承的主要方式之一。活佛转世中的宗教仪轨也逐步丰富。
格鲁派自15世纪采取活佛转世制度以来,成为藏传佛教活佛系统最多的教派。达赖喇嘛和班禅额尔德尼是该派创建最早和最著名的两大活佛系统。
活佛转世自创建以来,各教派对转世方式不断加以丰富和完善,陆续形成了寻访、认定和坐床等一套宗教仪轨。