1368年明朝建立后，中央政府实行多封众建的治理政策，先后分封三大法王和五王，并向各僧俗首领颁发印信、诏书及大量赏赐。其中对法王的册封始于噶玛噶举派噶玛巴活佛得银协巴。活佛转世制度自创立以来，先在噶玛噶举派内部发展出夏玛巴、贾曹、巴卧和司徒等多个转世系统，而后又被达隆噶举、止贡噶举、主巴噶举和香巴噶举等噶举派其他支派采用。15世纪开始，又被格鲁和宁玛、萨迦、觉囊等藏传佛教各大教派采用，成为藏传佛教宗教传承的主要方式之一。活佛转世中的宗教仪轨也逐步丰富。

中央政府对活佛转世的管理经历了一个发展过程。元代以来，藏传佛教教派首领或大活佛，大都得到过中央的封号和印信，以后，请封、袭职便形成一种制度。17世纪末，清中央政府首次管理达赖喇嘛的转世事务，1793年颁行的《钦定藏内善后章程二十九条》开始对活佛转世进行规范化和法制化管理，1936年《喇嘛转世办法》的颁行更是将活佛转世制度化、规范化。

1949年10月1日，中华人民共和国成立。20世纪五六十年代，中国的少数民族聚居地区通过民主改革完成了由传统社会向现代社会的转变，实现政教分离，落实了民族区域自治制度。公民的宗教信仰自由权利受到宪法和法律的保护，政府依法对宗教事务进行管理。活佛作为国家公民，以个人身份或代表信教群众积极参与国家政治、经济、文化和社会事务。