中央政府对活佛转世的管理经历了一个发展过程。元代以来,藏传佛教教派首领或大活佛,大都得到过中央的封号和印信,以后,请封、袭职便形成一种制度。17世纪末,清中央政府首次管理达赖喇嘛的转世事务,1793年颁行的《钦定藏内善后章程二十九条》开始对活佛转世进行规范化和法制化管理,1936年《喇嘛转世办法》的颁行更是将活佛转世制度化、规范化。
17世纪末,清中央政府首次管理西藏地方大活佛转世事务。
随着活佛转世制度的推行,一些宗教和世俗势力开始操控转世灵童的认定,出现了活佛“皆出一家亲族”,“兄弟、叔侄、姻娅递相传袭,几与封爵世职无异”等流弊,甚至引发战争,严重危及社会和国家的安全(插图11;参见图版90)。
民国时期,中央政府先后设立蒙藏事务局、蒙藏院和蒙藏委员会,专门负责蒙古族和藏族等少数民族地区行政、宗教事务。